مطالعه ی چند راهی بر پایه ی مدل برهمکنش نوترال رد و dna سنتزی با استفاده از فلورسانس تحریک –نشر

مطالعه ی برهمکنش مولکولهای کوچک ( برخی داروهای ضد تومور، ضد ویروس و ضد سرطان) با dna جالب است نه تنها به علت فهم مکانیسم برهمکنش بلکه راهگشایی در طراحی داروهای جدید و موثرتر است. مولکول هایی که با dna پیوند بین رشته ای می دهند نقش به سزایی در بهبود سرطان ایفا می کنند. لذا تعیین ثابت های پیوند مولکول ها با dna در فهم مکانیسم عمل داروها دارای اهمیت می باشد. در این مطالعه مکانیسم برهمکنش نوترال رد با dna تحت شرایط ph فیزیولوژیک، در نتیجه ی تغییرات در فلورسانس ذاتی nr در اثر تشکیل کمپلکس با dna مورد بررسی قرار گرفت. در این مطالعه برای سادگی و همچنین بررسی دقیق مکانیسم برهمکنش نوترال رد با dna از دو توالی 7 تایی دزوکسی ریبونوکلئیک اسید سنتزی، ساده d(ccccccc)2 و d(acacaca)2 استفاده شد. nr جزو گروه رنگ هایی است که پیوند بین رشته ای با dna می دهد. نوترال رد دارای یک تعادل ساختاری وابسته به مقدار ph بین دو گونه ی اسیدی وخنثی خود می باشد. ثابت اسیدی مولکول نوترال رد برابر با 8/6=pka تعیین شده است. داده ی سه بعدی، از اندازه گیری شدت فلورسانس تحریک-نشر در مراحل مختلف هر دو تیتراسیون نرمال و برگشتی محلول نوترال رد با dna جمع آوری شد. شدت فلورسانس محلول نوترال-رد در طی هر دو آزمایش متناسب با غلظت dna و nr روند افزایشی نشان داد که تاییدی بر مکانیسم برهمکنش بین رشته ای برای نوترال رد است شدت فلورسانس dna بسیار ضعیف می باشد، بنابراین شدت فلورسانس اندازه گیری شده تنها وابسته به گونه های آزاد نوترال رد وپیوند داده ی آنها با dna می باشد. داده های سه بعدی حاصل از هر دو نوع تیتراسیون فلوریمتری، به صورت تکی و همچنین به طور همزمان توسط روش های کمومتریکس نرم و سخت آنالیز شدند. تعداد اجزاء موجود در سیستم با استفاده از روش spph تعیین شد. نتایج، وجود سه جزء را در همه ی جهات برای هر دو آزمایش و هر دو توالی از dna نشان می دهد. در بعد غلظت به دلیل وابستگی خطی بین گونه-های hnr و nrو دو نوع کمپلکس تشکیل شده در تیتراسیون با ph ثابت و همچنین در بعدهای تحریک و نشر به دلیل همپوشانی طیفی زیاد طسف گونه ها، سیستم با کمبود مرتبه همراه است. در نتیجه با آنالیز سیستم با روش های نرم و سخت، برآیندی از طیف های هر دو فرم نوترال رد بدست می آید. ابتدا با استفاده از روش تجزیه ی سه خطی مسقیم(tld) و سپس با استفاده از روش parafac هر دو نوع داده آنالیز شد. پروفایل های تعادلی غلظتی و همچنین نشری و تحریک هر یک از اجزاءبدست آمده از این دو روش نشان می دهد که نوترال رد به صورت همزمان دو نوع کمپلکس با هر دو توالی dna تشکیل می دهد. ولی به طور کلی هر دوی این روش قادر به آنالیز کامل سیستم به طور مجزا نبودند. ولی با سرهم زدن داده های دو نوع تیتراسیون روش شرایط بهتری برای آنالیز سیستم توسط روشparafac ایجاد شد. روش تجزیه ی سه خطی بر پایه ی مدل (htd) برای تعیین ثابت های تعادل به صورت همزمان مورد استفاده قرار گرفت. نتایج به خوبی مدل پیوندی دو مرحله ای را برای هر دو نوع توالی از dna تایید می کرد. مقادیر ثابت های تعادل، k1 و k2 برای توالی d(ccccccc)2 به ترتیب 105 و 1011 بدست آمد. همین مقادیر برای توالی d(acacaca)2 نیز بدست آمد که نشان دهنده ی رفتار یکسان نوترال رد با هر دو توالی از dna می باشد.